Положительное воздействие на организм в целом проявляют отрицательно заряженные ионы воздуха. Это объясняет их преимущественное использование с целью профилактики и терапии. Положительно заряженные ионы воздуха проявляют обратное отрицательно заряженным аэроионам воздействие. Их влияние еще предстоит изучить. Следующим аспектом, обусловливающим способ профилактического и лечебного воздействия ионизированного воздуха на физиологию живых организмов, выступает используемая доза ионов воздуха. Малое количество ионов воздуха может быть нерезультативно. Завышенное количество, превышающее терапевтическую норму, вызывает неблагоприятные симптомы. 
Особенно результативна терапия аллергических или функциональных заболеваний. Ученые-медики пришли к выводу, что аэроионизация имеет десенсибилизирующее, гипотензивное и умеренно седативное воздействие. Запущенные нервные патологии и органические трансформации органов влиянию ионов воздуха не подвергаются.
Расстояние перед устройством при терапевтическом сеансе следует аккуратно выдерживать каждый раз. Например, перед ионизатором водяного типа расстояние составляет 10 минут, а остальных – 20 см. Время воздействия – 20 минут. 

Следует удобно расположиться, чтобы все внимание направить на правильность вдохов и выдохов. Больному советуют равномерно вдыхать воздух через нос или рот, периодически чередуя спокойное дыхание с глубоким. 
Длительность сеанса должна быть строго пропорциональна количеству генерируемых отрицательно заряженных ионов и величине фактора униполярности. Терапевтическую дозу обычно указывают по количеству ионов, которые больной получает за один сеанс воздушной ионотерапии. 
Расчет этих данных осуществляется посредством объема воздуха, который вдыхается, и длительности сеанса. При 20-минутной продолжительности процедуры ионотерапии воздуха больной принимает приблизительно 90 миллиардов аэроионов. 
Общее число легких и тяжелых ионов терапевтической дозы при функционировании водяного ионизатора воздуха незначительнее числа легких аэроионов терапевтического количества при функционировании лучевого и электроэффлювиального ионизаторов. Причина этого заключается в том, что тяжелые ионы подсоединяют некоторое количество элементарных зарядов, в то время как легкие имеют всего один заряд. 
Традиционный курс терапии для различных недугов составляет до 30 сеансов. Но следует обязательно брать во внимание первоначальное состояние человеческого организма, чтобы точно дозировать в индивидуальном порядке число аэроионов; длительность каждого сеанса и их общее число в терапевтическом и профилактическом курсе с учетом того факта, что излишнее количество отрицательно воздействует на физиологию человека, провоцируя усталость, общую слабость, головокружение, тошноту и головную боль. Следует изменять дозу ионов от одного сеанса к другому, поскольку ни одна процедура не проходит бесследно. Повтор лечебного курса допускается лишь по прошествии нескольких месяцев.